多年前，野心勃勃、一心想统治宇宙的黑暗大帝危害环境、破坏和平，宇宙盟主北斗星王为了阻止他，在经过一番激烈的宇宙大战后，终把黑暗大帝冰封于地球极地冰岩之下，使他与世隔绝。为了防止黑暗大帝破解封印，在冰封黑暗大帝之后，北斗星王在地球高僧的指引下发现了地球六只神兽，用北斗星能量和技术制造了六只神兽金刚，并把他的儿子麒麟王和他的守护精灵小精灵留守在地球上。这六只神兽金刚分别是麒麟金刚、青龙金刚、白虎金刚、玄武金刚、朱雀金刚和鹰龙金刚。只有六位超异能的小孩才能驾驭这六件神兽金刚，继而组合成威力无比、象征爱和正义的神兽金刚，保护地球的和平与守护人间的正义。小精灵找到了地球上最具智慧的科学家胡博士，并由胡博士保管这几件神兽金刚。胡博士建造了长城科学院，成为保护地球、守护正义、防止坏人入侵的基地。胡博士和他的助手周老师在相继找到了六位超异能的小孩，并由周老师在长城科学院负责训练、照顾他们。随着的地球温室效应的影响，冰封黑暗大帝的冰岩不断融化，黑暗大帝能量逐渐得到了恢复，并指挥他的残余部下铁面将军准备消灭神兽金刚、破解封印。因此，铁面将军不断命令他的手下玄冥二怪（玄冥黑怪、玄冥白怪）和复仇女将地球上的生物通过改变它们的基因使其变异为巨大的机械兽，然后让怪兽或破坏地球、危害人类，或直接到长城科学院攻打神兽金刚，寻找破解封印的方法。六小孩面对铁面将军制造出的机械兽，不畏缩，不后退，一次次用爱和正义的力量挫败黑暗大帝和铁面将军的阴谋和计划，最终再次把黑暗大帝冰封在冰山下。