汽车人后代巨无霸(港译:密斯姆)与霸天虎后代原始兽(港译:巴达乾)继续战斗着.巨无霸领袖黑猩猩(港译:奥迪武)率领分队追击原始兽的霸王龙(港译:麦卡顿),双方穿梭时空来到史前地球并坠毁在地球上.为了抵御地球的能量乾扰,他们都使自己变形为野兽,开始了一场野兽战争BEAST WARS.双方在地球上陆续发现外星人的机关,在与外星人较量中,部分变形金刚转化为恒定的金属变体(TRANS METALS),战斗异常激烈.霸王龙发现古老的战舰方舟号,并试图摧毁未苏醒的擎天柱而改变历史.黑猩猩在对战中吸收了擎天柱的力量而进化为TRANS METAL 2,霸王龙也通过吸收威震天的力量而进化成红色火龙.外星人介入,但被消灭.霸王龙最后找到了霸天虎的古老战舰报应号,并试图驾驶它摧毁方舟.最后报应号被击落,霸王龙被抓获,巨无霸返回塞伯坦......